根據衛生福利部疾管署的統計報導，2001至2014年我國百日咳病例以未滿1歲嬰兒為多，該年齡層的發生率自2001年起逐年上升，2014年發生率為2001年的14倍，歷年來（2001～2014年）共計3例百日咳病例死亡，均為出生未滿2個月之嬰兒，分別於2003年、2010年、2013年發病；歷年來未滿1歲嬰兒致死率約為1%。
感染來源＝家中成人
從2001至2014年共計617例百日咳病例，其中境外移入病例（3例）佔0.5%，可見多數是本土病例但卻都無明顯的季節性；暴露於感染源者約二分之一屬無症狀感染，三分之一可能發病。
根據百日咳研究顯示，在親近的家庭成員中會交互傳染，嬰幼兒感染百日咳的來源，75至85%是來自於家人。其中32%是媽媽、15%是爸爸、8%是祖父母、20%是兄弟姊妹、另外25%為嬰幼兒的保母及來訪的親朋好友。
百日咳的發病有一定的週期性，隨著人群中易感者的增加，大約每3至5年有一個高峰期。百日咳雖無明顯的季節性，一年四季均可發生，但冬春季多見，女性發病率高於男性。在成人持續性咳嗽症狀中，約有12至32%是由百日咳感染所引起
，遂成為家中兒童百日咳的傳染源。
傳染途徑＝飛沫散佈
百日咳是一種由百日咳桿菌引起的急性呼吸道傳染病。百日咳的主要感染對象是5歲以下的嬰幼兒，此菌為需氧的革蘭氏陰性桿菌，在體外僅能短期生存，無傳染媒介，傳染源為染病初期的患者或帶菌者呼吸道中之病原菌，藉咳嗽時的飛沫散佈來傳染給近距離接觸者，此菌只有對人類及猿猴（藉人工接觸）會致病。
