目前國內已開放「莫德納」及「BNT」2種疫苗供兒童選擇施打。5至11歲兒童可以施打兒童劑型的BNT疫苗，6至11歲兒童可以施打半劑量的莫德納疫苗，而且目前也已經開始施打。
指揮中心公佈各縣市施打時間：
圖片來源 / 衛生福利部臉書（詳情請參考衛生福利部臉書）
兒童新冠疫苗可透過2種管道施打，分別是「校園集中接種」及「合約醫療院所集中接種」。指揮中心指出，學校會發「COVID-19 疫苗學生接種須知及評估暨意願書」，讓家長（監護人/關係人）詳閱及勾選接種意願並簽名。「校園集中接種」預訂在5/25至6/1陸續施打，而「合約醫療院所」也有提供疫苗接種服務，滿5歲未入學兒童或未在學校接種的兒童可持健保卡等文件至各縣市指定合約醫療院所接種疫苗。
台灣兒科醫學會表示，受試個案無嚴重不良反應，副作用嚴重程度多為輕度至中度，約1-3日內可緩解，主要副作用有注射部位反應、疲勞、頭痛、發燒、總體反應較青少年和成人族群輕，但發燒可能略多。
對於局部腫脹、疼痛，可使用冰敷緩解，發燒時若未伴有其他危險跡象，可給予退燒藥或請兒科醫師診察處理。
據台灣兒科醫學會指出，mRNA疫苗副作用較讓人擔心的心肌炎和心包膜炎。在大規模施打的國家顯示，兒童接種疫苗產生心肌炎的機率低於青少年。據美國的資料顯示，5-11歲男性幼童感染新冠肺炎後出現心臟方面症狀的風險，是接種疫苗者之4.4倍；美國、英國及澳洲兒童染疫後死亡人數，為接種新冠肺炎疫苗後通報心肌炎人數之2-10倍。
據台灣兒科醫學會指出，兒童莫德納與BNT疫苗並無絕對優劣。目前仍無大規模直接比較莫德納和BNT疫苗孩童接種的研究報告，但由發表的試驗結果看來，前者產生的抗體濃度略高，輕中度的不良反應發生率也略高，但並無很大的差異，因此並不建議要特別選擇那一種廠牌的疫苗。
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據中華民國護理師護士公會全國聯合會指出，兒童接種疫苗後，若出現以下4種情況要立即就醫：
1. 持續發燒超過48小時，活力變差。
2. 常見疫苗副作用如頭痛、發冷等，幾天後仍未消失。
3. 嚴重過敏反應症狀，如呼吸困難、氣喘、面部或喉嚨腫脹、眩暈、心跳加速、虛脫、全身紅疹等。
4. 疑似心肌炎或心包膜炎症狀，如胸痛、胸口壓迫感或不適、心悸、暈厥、呼吸急促、運動耐受不良，如走幾步路就會喘、沒有力氣爬樓梯等。
教育部長潘文忠表示，如果兒童施打疫苗後身體不適需要休息，有3天疫苗假可提供給孩子，不會列入差勤或成績紀錄，家長如果因孩子施打疫苗需要在家照顧，也可請防疫照顧假來照顧孩子。
台北市教育局也表示，除了疫苗假，家長如基於防疫目的，想為孩子請防疫假，請假不會列入出缺勤紀錄。
多數情況下，正在接受藥物治療的兒童，建議在接種疫苗前後繼續進行常規治療，不應在接種疫苗之前或之後停止服藥。但若是以下幾種情況，會建議延遲接種疫苗或延遲特定藥物治療：
1. 如果注射部位出血或瘀傷的風險很高，會建議服用抗凝血劑的人延遲接種疫苗。大多數服用穩定劑量抗凝血劑的人，可以在病況穩定的情況下接種疫苗。
2. 接受免疫抑制劑治療（包括化療）者，感染新冠肺炎後嚴重度較高，因此接種新冠疫苗是很重要的。這些患者治療週期中可能有一個時間點，預計會對疫苗產生更好的免疫反應。或在某些情況下，可能會暫停一劑免疫抑制劑，以最大限度地提高對疫苗的免疫反應，建議若要施打疫苗，應與醫生討論接種疫苗的最佳時機。
指揮中心指揮官陳時中表示，針對5歲以下不能施打疫苗的小朋友，建議家長要嚴密觀測小孩的健康狀況，身體有任何不適都建議不要去上課，也提到家中有小孩的話，平時出外工作後的回家的衛生習慣要多注意，建議家長或家中大人可以施打疫苗的都盡量去施打，才能保護家中的小朋友。
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