寶寶便祕和大人不同，只要寶寶排便會出現不舒服、大便出血、排便時間太長，超過十分鐘以上還上不出來…等這些排便困難，就算是便祕，這常常與大便的質地有關，太硬、羊屎便，都有可能造成寶寶排便困難。大便一週次數小於兩次、或經常滲便、大便失禁（此種便便味道會特別臭），都有可能是便祕問題。爸媽可觀察大便的頻率、質、量，幫寶寶做個大便日記，得知寶寶有沒有便祕問題。如果寶寶還出現食慾減退、肚子不適、無故哭鬧、大便肛門出血、肛裂等，就要積極解決便祕的問題。
在出生後三個月內寶寶的大便與奶量和母乳、配方奶成分有很大的相關性。母乳裡乳清蛋白較高，容易消化吸收；配方奶中酪蛋白成分較母乳高，相對不易吸收，容易出現便祕問題。母乳寶寶大便次數會比較多，一天平均約三次，顏色偏金黃質地稀糊，大便會與喝奶的量與寶寶的腸胃吸收有關，也有可能3～5天才解便，只要寶寶食慾正常、大便偏軟無排便困難，爸媽可以不用擔心。
大多數嬰幼兒便祕屬於「功能型便祕」，也就是沒有腸胃構造上的問題，多與水分、纖維質攝取不足有關，透過一些飲食調整即可改善，有些孩子會因為大便時產生的不舒服感，排斥解便，習慣憋住大便，反而使便祕越來越嚴重。
少許狀況是因為其他疾病造成的便祕，如：先天性巨結腸症、甲狀腺功能低下、直腸肛門構造異常…等，就需要趕快找醫師治療，才能獲得改善。有些藥物，如：鐵劑、鈣片、含氫氧化鋁成分胃藥…等，也有可能造成便祕。
中醫可簡單將便祕區分為「實」祕與「虛」祕。實祕的孩子多屬於燥熱體質，大便經常乾硬如羊屎、放屁味道臭穢、經常口乾、口臭，身體怕熱，容易口破，體內火氣太盛，耗傷腸胃道的津液水分，使大便乾硬難解，臨床上這類的孩子較常見。虛祕多見於長期便祕或體質虛弱的孩子身上，又可區分為「陰血虛」便祕與「氣虛」便祕。「陰血虛」型便祕，有如乾涸的水溝，裡面水流不夠，無法將廢物排出，而積在體內，大便呈乾燥顆粒狀，孩子的氣色嘴唇無潤澤，容易食慾差。「氣虛」便祕，腸胃道推動的力量不足，大便通常偏細軟，但排便時間長，解便費力。
嬰幼兒的腸胃嬌嫩，有些家長操之過急，餵奶量增加太快，寶寶容易因為餵養不當而損傷腸胃，使乳食積滯，導致便祕、大便酸臭、腹脹氣不舒服，此時需要調整飲食、不可過飽，才可改善根本原因。
治療嬰幼兒便祕，一般會先透過按摩與飲食調整，若便祕仍持續或是寶寶有食慾下降、腹痛、解便出血的情形，可搭配內服中藥，來調整腸胃機能、改善便祕體質。
