剛出生的新生兒具備從媽媽體內帶來的強大免疫力，基本上不容易生病。此時生病多半是從產道出來的過程中受到細菌感染，常見細菌包括乙型鏈球菌、大腸桿菌、李斯特菌、腸球菌和巨細胞病毒；一出生就發燒的寶寶還必須排除感染皰疹病毒的可能。
前面說到新生兒體內具有母親給予的抗體，這個抗體會一直持續到6個月以後才會消失，加上母乳中免疫球蛋白A的保護，寶寶基本上都會有不錯的抵抗力。不過即便如此，由於寶寶此時的免疫系統尚未成熟，還是會有一些病毒會侵入體內，常見的有呼吸道融合病毒、流感病毒和腸病毒等；寶寶也可能因為細菌感染而泌尿道發炎（如先天結構出問題，比方尿路迴流，感染機率就會增加）。大里仁愛醫院小兒科主治醫師江明儒表示，成年人免疫系統已經成熟，免疫力較強，即便感染病毒也可能不會出現明顯症狀，可能會在不經意的情況下將病毒傳染給寶寶，這也是為什麼臨床上會出現「把孩子關在家裡隔絕病毒，孩子還是受到感染」的情況。
3個月～3歲的孩子生病仍以病毒為主，其中又以呼吸道融合病毒、流感病毒、副流感病毒以及腺病毒等呼吸道病毒為大宗。江明儒醫師指出，上呼吸道嚴重感染的孩子以感染肺炎鏈球菌、嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌等最常見。前二者皆有疫苗，若在1歲前施打，肺炎鏈球菌須在2個月、4個月、1歲各打一劑，嗜血桿菌則須在2個月、4個月、6個月各打一劑，預防感染最保險的方法就是確實接種疫苗。而這個階段也要小心孩子感染輪狀病毒、諾羅病毒等病毒型腸胃炎，還有沙門氏菌引發的細菌性腸炎。
