王嘉慶醫師表示，醫院設立健兒門診的主要三個目的，是讓醫師評估健康兒童的生長發育（頭圍、身高、體重）與發展（粗動作、細動作、語言、社會行為發展）是否正常，另外也包含疫苗注射。所以健兒門診的設立目的，不僅只是為了打針，還有評估寶寶的生長發育與發展，並回答父母育兒的相關疑惑。
國健署所補助的7次健兒門診檢查中，大多可以搭配寶寶疫苗接種的時間，可以一次同時接種疫苗與接受發育、發展的評估。
萬一少數人有特殊情況不想要接種疫苗，仍可利用這7次健兒門診檢查評估發展與發育。
通常需要掛號，程序與一般門診相同。當天需要攜帶兒童健康手冊與健保卡。健兒門診與一般門診的差別主要是：健兒門診看診的對象是健康的寶寶，不是生病的寶寶。
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父母替寶寶掛號後，當天先去醫院健兒門診櫃檯，讓櫃檯護理師確認兒童健康手冊，並量身高、體重，2歲以前還要量頭圍，然後到診間門口等待叫號，號碼到了進入診間，醫師評估寶寶的發展與發育等，並回答父母對於寶寶的生長、發育與接種問題的疑惑。然後去接種疫苗（醫師或護理師皆可能幫忙接種疫苗，依各醫院不同而定）。
萬一醫師評估寶寶的發育或發展等有問題，也可能會轉介至一般兒科或相關科別再做評估。
王嘉慶醫師說明，國健署補助7次健兒門診檢查的醫師診察費與公費疫苗注射費，各醫療院所只要收掛號費即可，通常一次大約收100～150元左右。
一般兒科門診也可以接種疫苗，只要年齡與時程符合，有帶健保卡與兒童健康手冊，也都可以接種疫苗。去健兒門診接種的好處主要是比較不會被其他生病的寶寶傳染疾病。
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王嘉慶醫師建議，如果5天內有發燒，就不適合帶寶寶去健兒門診看診，可先帶寶寶去一般兒科門診評估病情。主要原因有二，一來是要避免生病的寶寶將疾病傳染給其他健康的寶寶，二來則是生病發燒可能不一定適合接種疫苗。如果要接種疫苗，建議最好等寶寶退燒了大約5天以後，再讓醫師評估是否可以施打疫苗了。
