食物不耐症和食物過敏是完全不同的，先來說說食物過敏與食物不耐症的定義。所謂食物過敏，是身體免疫系統對外來異物（過敏原）的過度反應，也就是我們身體的免疫系統為了保護身體，會在外來物侵入時產生一個發炎的反應，這個反應在過敏體質的人身上，身體的組織就成為發炎反應的另一個目標，這就是免疫系統過度反應的狀態，也因此引發過敏性症狀。過敏與先天的體質有關，父或母本身有過敏體質者，新生嬰兒約有高達三分之二的機會也會出現過敏體質。
而食物不耐症的成因至今尚未有定論，可能的原因是，身體中缺乏某種特殊酵素，對某些食物無法代謝、消化，等這些食物在身體中累積至一定的份量後，因為身體的耐受到了某個臨界點，再也無法忍受時不適的症狀就出現了。食物不耐症與體質的遺傳、免疫系統受損、環境等都有相關，有些症狀也許和食物過敏類似，但是症狀通常都較食物過敏輕微。
臺中臺安醫院小兒科主治醫師陳芳怡表示，食物不耐症和食物過敏可從三個方面來做區別：
區別1 發生的時間不同
過敏通常會在幾個小時內就發作，有的甚至會在接觸過敏原後立即出現症狀。食物不耐症則是數小時或是數天後才出現症狀，所以很多人會不清楚到底是什麼原因造成的。
區別2 發生的份量不同
只需要一點點的份量就有可能引發過敏反應。但人體對食物不耐症則有很強的耐受力，也許對某些食物早就有耐受上的問題，但身體並不會有異樣，要等到這些食物累積到一定的份量才會產生反應，如果沒有累積到身體無法忍受的份量也可能不會出現症狀，例如有些人喝一整杯牛奶就會拉肚子，但是喝奶茶或是加了奶的咖啡卻沒問題，這是因為奶茶、拿鐵中的奶量不多，還在身體的耐受範圍內。
