益生菌的主要功能是改善消化道健康、營養吸收、促進排便順暢及調整體質，而益生菌的好處卻不僅僅只有這些，近年應用已非常廣泛，舉凡孕期營養、兒童保護力、老年吸收、運動表現、幫助入眠、美妍等，都能補充益生菌已達到保健效果。
目前益生菌功效已依菌種特性廣泛應用於：
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功能 |
菌種 |
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幫助消化、順暢 |
A菌-嗜酸乳桿菌 (Lactobacillus acidophilus) B菌-比菲德氏菌 (Bifidobacterium bifidum) C菌-乾酪乳酸菌 (Lactobacillus casei) S菌-嗜熱鏈球菌 (Streptococcus thermophilus) 納豆芽孢菌(Bacillus Subtilis HU58) 龍根菌-長雙歧桿菌 (Bifidobacterium longum) 雷特氏B菌-雷特氏雙歧桿菌 (Bifidobacterium lactis) 糖化菌 (Bacillus mesentericus) 酪酸菌 (Clostridium butyricum) |
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調整體質 |
L-137 植物乳酸菌 (Lactobacillus plantarum L-137) LP33 菌-副乾酪乳桿菌 (Lactobacillus paracasei 33) LGG 菌-鼠李糖乳桿菌 (Lactobacillus rhamnosus GG) |
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私密保健 |
卷曲乳酸桿菌(Lactobacillus crispatus) |
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享受代謝 |
420乳酸菌(Bifidobacterium animalis subsp. lactis 420) 263乳酸菌(Lactobacillus reuteri GMNL-263) 加氏乳桿菌 (Lactobacillus gasseri BNR17) 植物乳酸菌 (Lactobacillus plantarum LM1004) |
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幫助入睡 (舒眠菌) |
比菲德氏兩岐桿菌(Bifidobacterium bifidum BGN4) 比菲德氏龍根菌(Bifidobacterium longum BORI) 植物乳桿菌(Lactiplantibacillus plantarum PS128) |
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運動機能 |
植物乳桿菌(Lactobacillus plantarum TWK10) 植物乳桿菌(Lactiplantibacillus plantarum PS128) |
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兒童適宜 |
比菲德氏兩岐桿菌(Bifidobacterium bifidum BGN4) 比菲德氏龍根菌(Bifidobacterium longum BORI) 乳酸雙岐桿菌(Bifidobacterium lactis AD011) |
是否需要吃保健食品，要根據個人情況而定。如果你的飲食中已經足夠多樣化，包含一些天然含有益生菌的食物，那麼通常就不太需要。但，如果你已存在一些消化問題，或正在服用抗生素，這些情況可能導致菌叢失衡，這時候就可以藉由益生菌保健食品獲得幫助。保健食品經過菌株篩選及有效性實驗，感受性通常較即時，若再搭配益生元、後生元等複方加乘，可以讓益生菌發揮的更好。
當我們在 GOOGLE 上搜尋益生菌產品時，總會特別關注日本、美國、韓國的益生菌，因為我們普遍認為這些能夠飄洋過海的產品絕對是當地有口碑的暢銷良品，但其實不一定要買國外直輸的益生菌，台灣早有原料商引進國際優質原料，為國內生產高品質的益生菌，而我們只要掌握幾個原則，就能買到跟國外同級又更有保障的安全產品喔。
有標示菌株編號的益生菌是已通過長期的試驗，確保有功效性、安全性，較能保證品質無虞。若有專利更好！如專利製程和專利技術…等，是否能維持益生菌之活性和耐受性，非常重要。
不同種類的益生菌，其菌種功效也會不同，對體內的益處也不完全相同。特定的益生菌菌株並不適合所有人，因此建議補充多元的菌種，提供體內不同的保護力，如此也可以和其它菌種協同作用。要如何判定益生菌是否適合自己呢？可以給自己三個月的時間來感受不同的菌株效果。
菌數也是考慮因素之一。攝取高菌數不一定就有更大的健康益處，根據國際益生菌及益菌質科學協會（ISAPP）的建議，每天只要攝取符合文獻的有效劑量就能達到保健功效，故選擇益生菌時不應只關心菌數高不高，其菌種來源、品牌、研究成果、產品配方等因素更值得參考。
益生菌劑型建議以粉狀=膠囊>錠狀。在生產錠狀益生菌時，會因為製作時需要加熱、加壓成型，易破壞好菌的活性，不過有些品牌標榜有包埋防護技術，消費者應多了解產品訊息再做判斷。
光是空有好的益生菌還不夠，若消化道環境不好，再好的益生菌也沒有發揮的舞台，「後生元」可以創造健康有利的環境給益生菌，讓效果更加乘，例如：日本專利L-137 ® 乳酸菌益源質。 有了健康環境後，好菌需要足夠營養才能長的好!「益生元」是益生菌的營養補給，例如：乳果寡糖、木寡糖、菊苣纖維等，幫助益生菌定殖及成長。「益生聯®」配方取得瑞士日內瓦發明金牌獎，實證專利益源質加上益生菌及後生元，可以使好菌有8倍的成長力，所以挑選時不妨選擇具有益源質(後生元)、益生元的益生菌保健食品，健康才會更加分！
當我們要重新建立一個健康的菌叢生態，可能需要長達6個月的時間，我們可以透過觀察排便次數及睡眠品質來感覺益生菌是否起了作用，一般建議若沒有不良反應，不要停止食用，經研究顯示益生菌在消化道存留時間通常很短，大概只有幾天，嚴格來說若我們希望長期維持消化道健康，補充益生菌將是終生的旅程。
三餐飲食不均衡、生活作息不正常，一定要選擇適合的益生菌來保養，營養師推薦您：榮獲國際品質金獎的肯定，使用益生聯®的好菌倍乘體系(益源質+益生菌 +益生元)，且無添加香精、甜味劑等等，適合寶貝也適合全家人打造好體質的益生菌：BioJOY 倍乘®營養專家 樂敏益PLUS！
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