隨著新冠肺炎疫情確診數下降，教育部預計高中以下學校及幼兒園於9/1開學，學生及老師都必須到校實體上課，而教育部為了協助地方政府及學校落實校園防疫措施，因應各級學校規模不同，且防疫物資需求不一，投入3億的資金補助學校購置防疫物資及用品，如：用餐隔板、COVID-19快篩試劑、備用口罩及消毒用酒精等。
教育部依中央流行疫情指揮中心公告之疫情第二級警戒防疫措施及相關指引，規劃訂定各項防疫強化作為，將於開學後每兩週滾動修正防疫管理指引。
（一）學校及幼兒園開學前務必召開防疫小組會議，研議校（園）內防疫措施，加強物資盤點。
（二）配合各縣市政府環保機關於開學前加強校園內環境消毒工作。
（三）開學前針對教室、各學習場域（含游泳池）、相關盥洗等常用空間進行衛生清潔消毒及空間清消管理。
（一）學校教職員工及工作人員，應符合完成疫苗第一劑接種且滿14日之服務及入校條件，根據統計，目前第一批造冊的教職人員已經完成9成接種第一劑疫苗；若是部分新進教師或代課老師等，尚未接種第一劑疫苗或接種未滿14日者，首次進入校園服務前應提供3日內抗原快篩或PCR 檢測陰性證明，之後每7日進行1次抗原快篩或 PCR 檢驗為原則。快篩費用由教育部補助。
（二）開學後，家長及訪客原則不入校（園），但經學校及幼兒園認定有入校必要者除外。
（三）具有 COVID-19 感染風險者、發燒或急性呼吸道感染者，應確實落實「生病不上班、不入校（園）」。
（一）請家長主動關心子女/學生身體健康，上學前先量測體溫（額溫37.5度、耳溫38.0度就算發燒），如出現發燒或呼吸道症狀者，應在家休息避免外出。
（二）到校後，學校應落實入校（園）時及下午上課前師生體溫量測、手部清消及監測健康狀況。
（三）全校（園）師生除用餐及飲水外，應全程佩戴口罩。
（一）每日定期針對教室、各學習場域及相關盥洗等常用空間進行衛生清潔及消毒，並視使用情形，增加清潔消毒頻率。
（二）學校學生交通車與幼童專用車應加強清消管理，且應造冊並落實固定座位。
（三）維持各學習場域及用餐環境通風，開冷氣時應於對角處各開啟一扇窗，每扇至少開啟15公分，並加強通風及清消。
（一）學校及幼兒園推動之課程及活動，採「固定座位」、「固定成員」實施，並落實課堂點名。
（二）室外體育課程，均應保持防疫所需之適當社交距離，特別是容易肢體接觸或團隊性運動項目課程，音樂課也要暫緩樂器吹奏，各類設備都要盡量避免共用，如要輪替使用，也應徹底消毒。提醒授課教師須調整課程目標、教學內容與評量方式，並落實各項防疫措施。
（三）為落實全程佩戴口罩，進行體育課程時，請授課老師評估運動強度並留意學生身體狀況，適時調整課程內容。
（四）實習實作與實驗應採固定分組，學生練習時使用之設備、器材，應避免共用；如有輪替使用設備、器材之需要，輪替前應先澈底消毒。
（五）學校若有需要以跑班方式實施教學活動，如：社團活動及課後照顧等，應依不同班別不同教室採「固定座位」、「固定成員」實施，並落實課堂點名，以作為日後疫調之參考。
（六）校外教學及戶外教育等活動，應維持社交距離、佩戴口罩、遵守空間容留人數限制，並留意景點、住宿地點規劃，且應採實聯制，確實執行人流管制等，另依活動行程規劃，提醒師生遵循相關防疫管理措施。
（七）學校辦理大型集會活動，如：開學典禮、週會或迎新活動等，仍應採線上方式辦理為原則；如採實體方式辦理，應依指揮中心規定，活動人數上限為室內50人，室外100人之措施辦理，若超過人數應提報防疫計畫報請地方主管機關核准後實施。
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（一）應加強清潔消毒飲水機，並加註標示僅供裝水用，不得「以口就飲」。
（二）在教室內用餐應維持環境通風良好，以個人套餐並使用隔板入座或維持社交距離用餐，且不得併桌共餐；用餐期間禁止交談，用餐完畢落實桌面清潔及消毒。
（三）校內美食街及商店應遵守「餐飲業防疫管理措施」。
開放學校戶外操場，並依教育部「高級中等以下學校戶外操場防疫管理措施」或縣市政府公告之防疫規定辦理，其餘校園區域及設施不開放人員使用及進入。
依照「校園因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情停課標準」，1班有1人確診就停課；1校有2人以上確診全校停課；1鄉鎮市區有1/3學校停課，則全區停課。
有部分家長仍不放心讓孩子回校園上課，教育部表示，可以替孩子請假，且不列入缺席紀錄。最後教育部呼籲，因應國內外疫情，請學校及家長積極配合各項防疫措施，共同為師生健康安全努力，學校得視需要加強相關防疫措施並落實查核機制；教育部將依指揮中心公告之疫情狀況，於開學後每兩週滾動修正防疫管理指引。
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